撰写：生信大师姐 来源：小张聊科研平台的“ i生信”公众号，微信公众号搜索“ i生信”即可关注/扫描关注见文末
#生信发文# #科研热点# #铁死亡#
铁死亡是由铁依赖的脂质过氧化作用驱动的细胞程序性死亡方式，作为细胞死亡家族的明星成员，不管是机制研究中的细胞表型选择，还是生信发文中的科研热点选择，铁死亡都是热门选手。工欲善其事必先利其器，做铁死亡研究离不开铁死亡相关数据库的支持，第一个铁死亡相关数据库FerrDb V1（年发表。
为了跟上铁死亡研究的快速进展，并提供及时和高质量的数据，该数据库进行了升级，所以有了我们今天要介绍的FerrDb V2（/）。
数据库收录信息
该数据库收录了1001个铁死亡调节因子和143个铁死亡-疾病关联。其中，驱动基因有264个，抑制基因有238个，标记基因有9个，未分类基因有110个；物质调节剂有380种，其中诱导剂有201种，抑制剂有179种。
展开全文
与 V1版本相比，V2版所收录的文章增加了300%，铁死亡调节因子增加了175%，铁死亡-疾病关联增加了50.5%。V2版本新增了环状RNA和假基因类型的调节因子，非编码RNA的比例从7.3%增加到13.6%。
数据下载
假如你想获取铁死亡相关调节基因列表或物质调节剂列表，该数据库提供了非常友好的下载途径：download页面选择即可下载。
下载的文件格式如下，可以根据基因类型标识符进行筛选。
PS：作者在该数据库上也提供了铜死亡相关基因的下载途径（详见绿色框框），铜死亡是去年Science上刚刚发表的，且同样是金属离子介导的细胞死亡方式，这算不算是铜死亡的第一个数据库（笑cry）。
数据库使用指南
在“Browse”界面，可以对感兴趣的调节基因或物质调节剂进行检索（可以选定调节类别后选基因，也可以直接检索目标基因）。检索结果包含调节基因或物质调节剂的详情介绍，以及对应的文献来源。
除此之外，在“Browse”界面的最下方可以看到该数据库还提供了基础的在线分析功能，可以快速实现在公共数据库中探究目标基因在不同细胞系/组织部位/疾病的表达水平及对不同疾病的预后影响，以及相关药物。
在“Utilities”界面则进一步提供了调控网络/富集分析/相关性分析/差异分析相关的在线分析小工具，几乎涵盖了铁死亡相关基因的基础分析类型，避免了再去其他数据库进行基础分析的麻烦。
原文链接：
